《爱弥儿》的第三卷主要论述的是人12至15岁，即少年时期的自然教育。在这一阶段中，孩子从起初只有感觉到现在已开始有了观念，从起初只能用感官去感触到现在已开始能够进行了判断，个人的体力在迅速发展。由于智力的发展，孩子已经逐渐认识到时间的价值，他们懂得要把时间花费在有用的事物上，他们会自行提出一些问题，在遇到这种情况时，卢梭指出，我们要做的是，看怎样能引起孩子的好奇心，就怎样去回答，而不要一味考虑怎样才能满足孩子的好奇心。在探索自然法则时，始终要从最普遍、最显著的现象开始探索。不能让孩子总是一味地按照别人说的话去做，因为除了他自己觉得对确实是有意义的事物以外，其他一切事物对他而言都是无益的。卢梭非常反对严格的纪律以及仅靠死记硬背的教学方法，他认为教育是一种从内在本性向外展开的活动，教育应该适应儿童的性格、能力，发展人的天赋与本性，使每个人的各种内在潜能得到最大限度的发展。因而，在少年教育时期，要通过侧重关注孩子智育的锻炼，适应儿童发展的天性。
《爱弥儿》的第四卷主要论述的是人15至20岁，即青年时期的自然教育。在这一阶段，人们处于一段艰难的叛逆期，人们的思想正在慢慢地走向成熟，人们要学会的是用自己的情感去约束想象力，用自己的理智去战胜偏见。卢梭坚信人的自然本性，认为人的一切欲念都是源自于人的感性，想象力决定的是他们发展的倾向，只要把自爱之心扩大到去爱别人，我们也就可以使自爱变为美德。人们的思维也终于开始进入了道德的境界，在进行德育的时候，道德教育的内容不应该是纯理论的东西，空洞的道德说教完全是纸上谈兵，但是我们可以去结合一些寓言故事或者哲学知识，当然，最重要的还是在于实践，要立足于实际生活中，这样才有利于良好道德情操的培育。在这一卷的最后一部分，卢梭还特别提到了对宗教的看法。他主张自然神教，上帝的概念是很模糊的，他指出，“特别是在宗教问题上，人的偏见是压倒一切的。”对于要培养孩子信什么宗教的问题上，卢梭批判了宗教的蒙昧主义，他坚持应该让孩子自己正确地运用他的理智去选择。因而，在青年教育时期，要通过侧重关注孩子德育的锻炼，适应儿童发展的天性。
《爱弥儿》的第五卷主要论述的是爱弥儿的未婚妻，即苏菲的教育，其中，特别强调了女子教育思想，即通过自然教育培养贤妻良母。苏菲在平凡的内心中拥有一种良好的天性，而她胜过其他女子的地方就在于她受到过良好的教育。她天性善良，但内心却常常很敏感，也正是这颗极其敏感的心，有时候会使她产生难以平静的想象。但是，对于别人的过失，她能够耐心地忍受，对于自己的过失，她更是能够乐于改正。除了神圣不可侵犯的权利之外，苏菲对其它一切权利都是极端重视的。她不仅知道自己有权利，也知道要运用这个权利去评判男子的品行。在女子教育的过程中，懒惰和桀骜不驯是女子最危险的两个缺点，为了防止这样的情形的发生，如果仅仅采取一般的教育方法的话，反而很容易使他们厌弃工作，而只知道玩乐。因此，女子的行为总是要受到舆论的约束，也正是由于她们养成了受约束的习惯，便使得女子必然形成了一种她终生都必须具备的品质，即温顺。女子常用艳丽的服饰和化妆品来装饰自己，却忽视了只要有美德，她就可以行使她的权利;只要有热心和才能，便可以养成一种审美的能力，进而欣赏美以及与之相联系的道德观念。
纵观全书，卢梭的自然主义教育观在《爱弥儿》的字里行间体现的淋漓尽致，极其富有内在意蕴，具有巨大的历史价值和现实价值，作为一名学前教育(师范)的学生，我将来是要走上幼儿教师这个职位的，置身为一名教育者，我的任务不仅仅是教授知识，这样只会泯灭孩子的好奇心，我要做的应该是竭力创造一个能够促进儿童自由、健康成长的适当的环境条件，通过对孩子的行为的细致的观察，然后对其不恰当的行为进行适当的诱导，而不是一味地强迫儿童去接受他人所特有的处世方法。此外，我们还要积极鼓励儿童置身于大自然中，去体现大自然的自然美，借此锻炼他们的独立，培养他们克服困难的毅力，倡导他们自己去建立良好的人际关系。
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