汉武帝元鼎六年（前111），以西羌联合匈奴，围攻抱罕（今甘肃临夏东北），使李息、徐自为率兵击破西羌。乃置护羌校尉，掌西羌事务，秩比二千石。东汉沿置。晋惠帝时改称凉州刺史。
建武六年(30年)，凉州尽为羌人聚居，遂置护羌校尉，管理羌人事务。建初元年（76年）后成为定制，110年移居张掖。169年东汉政府全面镇压羌人起义。中平元年（184年）由于黄巾起义不再设置为止。自30年开始的羌人反抗至此结束，历时130多年。
温序 30-？
牛邯 33-34
不设 34-58
谒者窦林 58-59
谒者郭襄 59-？
不设 ？-76
故度辽将军吴棠 76-77
武威太守傅育 77-87
陇西太守张纡 87-89
张掖太守邓训 89-92
蜀郡太守聂尚 92-93
居延都尉贯友 93-96
汉阳太守史充 96-97代郡太守吴祉 97-100酒泉太守周鲔 100-102金城太守侯霸 102-108西域都护段禧 108-110侯霸（复任） 110-114汉阳太守庞参 114-115骑都尉马贤（代理） 115-117三辅屯兵中郎将任尚 117-118马贤（第二次复任） 118-129
右扶风韩皓 129-131
张掖太守马续 131-136
马贤（第三次复任） 136-139
胡畴 139-142武威太守赵冲 142-144汉阳太守张贡 145-155前南阳太守第五访 155-159中郎将段颎 159-161济南相胡闳 161-163段颎（复任，168后升为破羌将军） 163-168弘农太守皇甫规 168-174田晏 174-177泠征 177
前
？-184
夏育 184-？
自夏育后中原内乱，官吏调遣内地，护羌校尉之职始不见于史书记载。
以下人员在镇压羌人反抗中表现积极：
邓骘
任尚
马贤
皇甫规
张奂
段颎
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