蜂蜜酸奶是角牛奶，蜂蜜为主要原料再加上部份辘料，经消毒后加入发酵剂发酵制成的。发酵过程中奶的蛋白质，乳糖等成分被分解为氨基酸、乳酸、乙酰乙醛等，这些分解物赋予蜂蜜酸奶特殊的风味。由于发酵过程产生的酸性物质能抑制对人体有害的微生物的生长，加上已对原料进行过严格的消毒，因此蜂蜜酸奶不含任何对人体有害的微生物。加工过程中，奶中的酪蛋白同葡萄糖、乙酰乙醛等混合凝结成凝胶，形成了具有酸甜味的半固态蜂蜜酸奶，营养丰富、酸甜可口，具有蜂蜜特有的清香，又具牛奶、蜂蜜优点的营养保健佳品。
蜂蜜酸奶的制造工艺流程如下：
原料牛奶含脂量2～4%，不含抗菌素(注意：酸奶发酵剂对抗菌素非常敏感)。由于通常牛奶中固体物质太少，稠度不够，必须用浓缩法(或添加奶粉)使牛奶中干物质和酪蛋白含量达到要求，以使酸奶结实，乳清析出少。牛奶的浓缩可以和灭菌热处理结合起来，通常将牛奶加热至7l°C保持15分钟，也可以将牛奶加热至90～95。C，保持3～5分钟，既达到杀菌的目的，又使血清蛋白质改性，使牛奶增稠。牛奶浓缩灭菌后，就可以掺入10%经过过滤处理的蜂蜜，蜂蜜要新鲜色浅，并具备花香味。同时添加的有适量的食用香精和o.1～0.3%的添加剂(琼脂、明胶、果胶等)。兑制后要搅拌均匀，然后快速冷却至发酵温度(40°C)，加入发酵剂，接种量为2～3%。接种完毕后要迅速装满容器密封，放入恒温箱发酵3小时左右，当奶中的pH达到4，酸奶已凝固成半固态后，将恒温箱的温度降低至10°C以下或转入冰箱中，冷却，使发酵停止，酸奶生产告一段落，再往下就是冷库存放待售了。
酸奶发酵剂(菌种)是由嗜热性链球菌和保加刺亚乳酸杆菌这两种菌种组成，二者比例为1：1或2：1。菌种扩大培养的方法是，先将冷冻干燥的菌种用少量无菌永稀释，在室温下复活，然后用无菌操作接入10毫升脱脂牛奶中，密封后放置到35～40°C温度下培养3～4个小时，待凝固后再扩大到50毫升的奶蜜中培养。第三步是扩大到250毫升的奶蜜中……直至扩大到所需用的种量为止。蜂蜜酸奶的质量与发酵剂的制备好坏关系密切，为了避免其它微生物的污染，发酵剂必须希j严格卫生条件下制备。