输卵管妊娠的最常见原因就是输卵管炎，这种炎症容易造成输卵管粘连扭曲或管腔狭窄，又或者是内膜纤毛缺损，使输卵管的蠕动减弱，受精的卵子不克被正常输送到子宫内，而在输卵管着床。
输卵管发育异常
输卵管妊娠也有可能是由于输卵管发育不良、畸形，输卵管过长或有憩室导致卵子不能通过输卵管而在输卵管部位受精造成输卵管妊娠。
器官压迫
出现输卵管妊娠也有可能是由于输卵管的临近器官压迫而成，使输卵管移位或变形，从而使卵子无法正常输送到子宫而引起输卵管妊娠。
宫内节育器引起
输卵管妊娠也有可能是宫内节育环所引起的，很多临床专家发现随着宫内节育环的广泛使用，输卵管妊娠的几率也大大增加，其原因可能是因为宫内节育环导致输卵管炎所致。
输卵管手术
输卵管手术也是导致输卵管妊娠的因素之一，然而不管是采用采用结扎、电凝还是环套法，都有可能形成输卵管瘘管或再通，从而导致输卵管妊娠的可能。
盆腔子宫内膜异位症
盆腔子宫内膜异位症出了少数女性是由于先听因素导致的外，大多数是由于机械因素所致，而这种症状对于卵子有趋化作用，促使其在输卵管内妊娠。
孕卵的游走
一侧卵巢排卵，受精后经过宫腔或腹腔向对侧的输卵管移行，这就是输卵管游走，如果移行的时间过长，孕卵发育增大， 不能通过输卵管时则形成了输卵管妊娠。