住房公积金贷款部分提前还款的扣款顺序：
按照贷款合同约定，部分提前还款的扣款顺序为：先还逾期贷款罚息，逾期贷款利息、本金，本期应还贷款利息、本金，再还提前还款时应付的利息，剩余金额用于归还公积金贷款本金。
南京公积金贷款提前还款办理流程：
(1)提前归还贷款的，需提前5个有效工作日向委托银行提出书面申请，填写《提前还款申请书》，经审核同意后，可提前偿还全部贷款本息或部分贷款本金。贷款期限为一年的，如需提前还款，必须一次性还清贷款本息。
(2)提前部分偿还贷款本金，可由借款人选择缩短贷款期限或减少每月还款额两种方式。住房公积金贷款每年提前还款的限定次数和最低还款金额按合同约定执行。
(3)借款人提前偿还部分贷款本金或全部贷款本息的，不收取违约金。